現在消化管外科（胃・小腸・大腸）、肝臓・胆道・膵臓外科、乳腺外科、甲状腺外科、呼吸器外科を主にカバーし、日本外科学会専門医修練施設ならびに日本消化器外科学会専門医修練施設として認定されています。現在の外科スタッフは岸川博紀（昭和50年卒）、奥平定之（昭和62年卒）、岡田和也（昭和63年卒）の計３名で、手術、診療の一部は長崎大学移植消化器外科の御協力を頂いています。

　外科手術症例数は平成１７年344例、平成１６年341例、平成１５年362例で、各年度とも全身麻酔下手術が220例前後、腰椎麻酔下手術が80例前後、残りは局所麻酔下手術の内訳となっています。過去５年間に当院で手術を受けられた胃癌の患者さんは139例、大腸癌185例、乳癌78例、その他に肝胆膵領域腫瘍、甲状腺腫瘍、肺腫瘍の手術も行っています。

　また乳がん検診はマンモグラフィ検診精度管理中央委員会認定の読影医師二人がおり、女性認定放射線技師二人が勤務しています。

　また当科の特徴として悪性腫瘍（胃癌、大腸癌、胆管癌、乳癌など）の患者さんに対する入院並びに外来におけるがん化学療法を積極的に行っており、化学療法室など今後も整備を進めて行く予定です。